ФНС не видит ничего противозаконного в начислении пеней на сумму доначисленных по результатам проверки налогов, погашенную досрочно.
Решения ИФНС вступают в силу по истечении одного месяца со дня вручения этого решения лицу, в отношении которого оно было вынесено. А в случае обжалования решения в апелляционном порядке - со дня принятия вышестоящим налоговым органом решения по жалобе.
Совокупная обязанность на основе решений ИФНС формируется и подлежит учету на ЕНС со дня вступления этого решения в силу. Обязанность по уплате налога может считаться исполненной только при условии ее учета в совокупной обязанности на ЕНС.
При этом налогоплательщик имеет право подать заявление о распоряжении положительным сальдо ЕНС путем зачета в счет исполнения решений инспекций, не учитываемых в совокупной обязанности, в том числе ввиду того, что они еще не вступили в силу.
В случае подачи заявления о таком зачете сумма недоимки, в отношении которой подано заявление, учитывается в совокупной обязанности последовательно, начиная с задолженности с наиболее ранним сроком уплаты в размере, не превышающем положительное сальдо ЕНС на дату ее учета, со дня, следующего за днем представления заявления.
При этом сумма пеней, рассчитанная в соответствии со статьей 75 НК, учитывается в совокупной обязанности со дня учета на ЕНС недоимки, в отношении которой пени были начислены.
Соответственно, представление налогоплательщиком заявления о зачете положительного сальдо в счет исполнения не вступившего в силу решения ИФНС влечет учет в совокупной обязанности и соответствующих пеней.
Исходя из этого ФНС делает вывод: начисление пеней на недоимку, указанную в решении инспекции, в отношении которого налогоплательщиком было представлено заявление о распоряжении путем зачета, а также последующее списание ЕНП в счет погашения таких пеней не противоречат действующему законодательству о налогах и сборах.